Історія створення університету бере свій початок у 1984 р. на базі філії Одеського сільськогосподарського інституту. Причиною відкриття став попит на аграрних фахівців вищої кваліфікації. Станом на 1991 р. в університеті навчалось трохи більше 2 тис. студентів. Навчальний процес на той час забезпечували 126 викладачів. Через сім років навчальний заклад змінив статус на окремий ВНЗ та отримав відповідну акредитацію. Через два роки після того, інститут за рішенням акредитаційної комісії перекваліфікували в академію. Згідно з постановою КМУ Миколаївський державний аграрний університет було утворено у 2002 р., а через 10 років присвоєно статус національного.

Сьогодні навчальний заклад має 12 навчальних корпусів та 5 гуртожитків. В університеті навчається більше 8000 студентів. Навчальний процес забезпечують понад 400 викладачів. До структури університету входять 6 науково-дослідних та навчально-наукових інститутів, 4 коледжі, 30 катедр, 10 лабораторій, 17 консультаційних відділень, 25 підготовчих курсів. Доступна аспірантура та докторантура за 4 спеціальностями.

Основні стратегічні цілі розвитку ВНЗ:

• збільшення потенціалу кадрів агропромислового напрямку на регіональному рівні;
• відкриття нових спеціальностей відповідно до потреб ринку праці;
• удосконалення системи освіти та нормативної бази університету;
• розвиток матеріально-технічної бази та соціальної інфраструктури ВНЗ;
• розширення співробітництва на міжнародному рівні.

Університет має досить велику виробничу базу. Перш за все це 2045 Га орної землі, власний тракторний парк, 4 котельні, навчально-виробничі майстерні з виготовлення меблів. Кожен студент має можливість додатково отримати робітничу спеціальність (водій, слюсар, тракторист, електромонтер).

Міжнародна діяльність ВНЗ підтверджується членством в багатьох асоціаціях та організаціях: Маgnа Сhагtа (ЕUА), Американська Рада з Міжнародної Освіти, Асоціація членства Інституту міжнародної освіти.

Університет має створений Науково-дослідний центр міжнародного співробітництва і правового забезпечення. Який має на меті підвищити якість підготовки студентів та рейтингу університету в Україні та за кордоном:

• шляхом реалізації  вимог Болонської системи;
• розширенням наявних та встановленням нових контактів із закордонними ВНЗ;
• провадження якості навчання через закордонну практику студентів;
• залучення грантових програм міжнародного рівня.

Університет веде співпрацю з науково-освітніми закладами наступних країн: США, Австрії, Франції, Німеччини, Бельгії, Великобританії, Польщі, Китаю, Південної Кореї, Туркменістану, Сербії, Латвії, Італії Аргентини. Делегати у складі професорів, студентів та викладачів відвідували вказані країни та МНАУ в двосторонньому порядку. Студенти можуть проходити практику в країнах, з якими підписані відповідні угоди про науково-освітнє співробітництво. Такі умови надають можливість отримання подвійного диплома у Німеччині, Польщі та Іспанії.

МНАУ має найбільшу бібліотеку з аграрної тематики в Миколаївській області. Фонд бібліотеки є багатогалузевим та складає більше 300 тис. примірників видань різними мовами. З 2004 р. створено електронну базу, каталог якої постійно наповнюється. З 2009 р. бібліотека має власний сайт, а з 2011 р. електронний читальний зал.